传奇大盗鲁邦三世的目标是一颗名为“记忆之海”的古老宝石，据说它能具现化佩戴者的记忆。与此同时，江户川柯南（工藤新一）和毛利小五郎受邀保护这颗宝石在东京展览。两人在展览会上首次交锋，宝石却在双方眼皮底下被第三方神秘势力劫走。这股势力企图利用宝石的力量，清洗特定人群的记忆，达成不可告人的目的。鲁邦与柯南由对手变为临时盟友，一边躲避警方（目暮警官）和国际刑警（钱形警部）的追捕，一边联手追踪神秘组织。鲁邦的天马行空与柯南的严谨推理产生了奇妙的化学反应，共同破解围绕宝石的百年谜团。

这部联动剧场版完美平衡了两个IP的风格，既有鲁邦系列的潇洒不羁与动作大场面，也有柯南系列的精密推理与角色互动。笑点密集，节奏明快，两位主角的斗嘴与合作是全片最大亮点，满足了粉丝的一切幻想。